Безоговорочная капитуляция Германии была подписана 9 мая в 00:44 по московскому времени. Это прекратило крупномасштабные бои в Европе, но некоторые части Вермахта и СС еще пытались оказывать сопротивление. Сотни солдат и офицеров Красной Армии погибли уже после Победы, предвкушая встречу с родными и близкими.

Фанатично сопротивлялся Пражский гарнизон вермахта. С пятого мая в Праге началось восстание. Командование советской армии оставалось в неведении относительно планов армии США освободить Прагу от немцев, поэтому в течение недели после капитуляции Берлина ждало указаний. Но маршалу Коневу позвонил товарищ Сталин и, как полагается, грозно и убедительно спросил: "Надеюсь, вы понимаете, кто должен взять Прагу? Тут же началось наступление Красной армии. 9 мая 1945 года 3-я и 4-я гвардейские танковые армии 1-го Украинского фронта вступили в Прагу. Тогда же началось общее отступление немцев, переросшее в паническое бегство. Частям Красной армии и специальным подразделениям НКГБ, действовавшим совместно с чешскими партизанами, была поставлена задача помешать выходу из окружения частей группы армий «Центр», в частности, частей СС и формирований РОА. В течение 10-13 мая шло преследование отступавших и планомерное уничтожение отказывавшихся сдаваться в плен. 12 мая советскими солдатами был арестован генерал Власов, 15-го — командир 1-й дивизии РОА Буняченко и некоторые офицеры штаба дивизии. При активной поддержке чешских партизан был пленён начальник штаба ВС КОНР генерал Трухин. К 12 мая все части вермахта, СС и РОА были пленены или уничтожены, а маршалу Коневу присвоили звание "почетный гражданин Праги".

Гарнизон оккупированного Германией датского острова Борнхольм в Балтийском море не пожелал оказаться в советском плену. По соглашениям между союзными державами Дания должна была быть освобождена англо-американскими войсками, и немцы уцепились именно за это обстоятельство. Комендант Борнхольма заявил высадившимся на острове 9 мая советским десантникам: «Большевикам следует уйти, если они хотят остаться в живых». В ответ «большевики» постарались в максимально жесткой форме доказать нацистам, что те переоценили свои силы: незамедлительно началась операция по освобождению Борнхольма. Под артиллерийским огнем немцы попытались прорваться на имевшихся у них кораблях на континент, к англичанам, но эта попытка не увенчалась успехом - большинство кораблей было потоплено. 11 мая остатки нацистского гарнизона капитулировали.

Последняя крупная битва Второй Мировой войны в Европе произошла у местечка Поляна, в Югославии, между националистическими формированиями и НОАЮ (Народно-освободительная армия Югославии). Националисты (четники, усташи) потребовали свободного прохода на запад, но получили отказ от Югославских партизан. Началась интенсивная ружейно-пулеметная стрельба, продолжавшаяся до 15 мая. С прибытием подкрепления союзников в размере 20 танков, четники выбросили белые флаги и сдались. После войны, в социалистической Югославии именно 15 мая отмечался день победы.

22 мая 1945 года разведчик Николай Ивантеев передал срочное сообщение в штаб 42-й армии в Латвии: «Засёк немцев. Идут по лесу строем, человек 300, все в эсэсовской форме, под знаменем со свастикой. Каков будет приказ?» Штабисты сперва решили, что старший лейтенант ещё не протрезвел со Дня Победы, но после второй телефонограммы выслали оперативную группу. Врага блокировали в лесу: оказалось, что это офицеры 6-го корпуса СС, бежавшие из окружения в Курляндии и пытающиеся добраться до расположения армии США. Немцев уничтожили, а их командир, обергруппенфюрер Вальтер Крюгер, застрелился.

На голландском острове Тексел в Северном море дислоцировался батальон Вермахта «Царица Тамара», численностью около 800 человек, сформированный из военнопленных красноармейцев,в основном грузин по национальности. Эти люди не были идейными сторонниками гитлеризма — форму их заставили носить почти насильно. В батальоне с 1944 года действовали подпольные антифашистские группы, которые даже установили контакты с представителями голландского Сопротивления на Текселе. В начале апреля 1945 года было поднято восстание, за два дня было убито около 400 немцев и почти полностью захвачен остров. В ходе продолжительных боев на острове была повреждена радиосвязь, и о капитуляции Германии немцы не знали вплоть до прибытия созников (по другим данным- немцы узнали о капитуляции Германии от местного жителя, уплывшего с острова и вернувшегося туда с газетой об этой новости). После этого немцы сдались.

Англичанам и американцам немцы сдавались куда охотнее, но и тут бывали заминки. Например, гарнизон острова Олдерни, одного из Нормандских островов в проливе Ла-Манш, сдался союзникам 16 мая 1945 года. На севере Италии небольшая группа немцев и русские коллаборационисты из организации «Казачий стан» сдались англичанам 18 мая 1945 года. Казаки надеялись остаться в плену на Западе, но англичане выдали их советской стороне.

Вопреки расхожим представлениям, последним днем Третьего рейха все же стоит считать не 8 или 9 мая, а 23 мая 1945 года. Дело в том, что гросс-адмирал Дениц, ставший после смерти Гитлера рейхспрезидентом, после капитуляции продолжал заседать со своим правительством в городе Фленсбурге на севере Германии. Фленсбургское правительство контролировало германскую землю Шлезвиг-Гольштейн, в его распоряжении имелись дислоцированные в Шлезвиге войска, в портах стояли корабли под флагами со свастикой, эти же флаги развевались на административных зданиях, на улицах дежурила полиция в шлемах с нацистским орлом. Разумеется, никаких военных действий против союзников Фленсбургское правительство, подписавшее капитуляцию, не вело, но все же продолжало как ни в чем не бывало заседать и управлять последним осколком гитлеровского государства. Лишь 23 мая у союзников дошли руки до Деница и его постгитлеровского режима — члены фленсбургского правительства были арестованы, некоторых сразу отправили в Нюрнберг, судить за военные преступления. Флаги со свастикой были сняты, военные и полицейские части были разоружены, Шлезвиг-Гольштейн стал частью союзнических оккупационных зон. Тысячелетний рейх, существовавший с 1933 года, прекратил свое существование.

Уже после окончания войны в западных районах Советского Союза активизировались партизанские движения: бандеровцев — в Галиции, "Железной гвардии" — в Молдавии, "Лесных братьев" — в Прибалтике. Борьба с последними была наиболее кровавой: если количество жертв УПА во второй половине 1940-х годов составило порядка 10000 человек, то в ходе столкновений с прибалтийскими отрядами сопротивления погибло около 25000. При легко доступных запасах оружия в местах недавних боёв, лесистые болотистые местности на границах Литвы, Латвии и Белоруссии с редкими уединёнными хуторами — стали питательной почвой для многочисленных парамилитаристских формирований. В их составе были и бывшие эсесовцы из национальных батальонов, и зажиточные крестьяне, пострадавшие от коллективизации, и даже представители интеллигенции, посчитавшие приход Красной армии оккупацией. Литовские "Лесные братья" называли себя "Армия Свободы Литвы", или просто "зелёные". Литва была единственной из трёх прибалтийских республик, где антисоветские формирования имели единый координационный центр и были настолько многочисленны, что в 1945-47 годах даже нападали на небольшие гарнизоны Советской Армии. В Латвии с "Лесными братьями" сражались части НКВД (с 1946 года - МГБ) и латышские дивизии на службе Красной Армии.